1、發(fā)票的印制要求不同：根據(jù)新的《稅收征管法》第二十二條規(guī)定：增值稅專用發(fā)票由國務院稅務主管部門指定的企業(yè)印制；其他發(fā)票，按照國務院主管部門的規(guī)定，分別由省、自治區(qū)、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業(yè)印制。未經(jīng)前款規(guī)定的稅務機關指定，不得印制發(fā)票。
2、發(fā)票使用的主體不同：增值稅專用發(fā)票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規(guī)模納稅人需要使用的，只能經(jīng)稅務機關批準后由當?shù)氐亩悇諜C關代開；普通發(fā)票則可以由從事經(jīng)營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發(fā)票。
3、發(fā)票的內容不同：增值稅專用發(fā)票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數(shù)量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發(fā)票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
4、發(fā)票的聯(lián)次不同：增值稅專用發(fā)票有四個聯(lián)次和七個聯(lián)次兩種，第一聯(lián)為存根聯(lián)（用于留存?zhèn)洳椋?，第二?lián)為發(fā)票聯(lián)（用于購買方記賬），第三聯(lián)為抵扣聯(lián)（用作購買方扣稅憑證），第四聯(lián)為記賬聯(lián)（用于銷售方記賬），七聯(lián)次的其他三聯(lián)為備用聯(lián)，分別作為企業(yè)出門證、檢查和倉庫留存用；普通發(fā)票則只有三聯(lián)，第一聯(lián)為存根聯(lián)，第二聯(lián)為發(fā)票聯(lián)，第三聯(lián)為記賬聯(lián)。
5、發(fā)票的作用不同：增值稅專用發(fā)票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發(fā)票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
