一、增值稅一般納稅人經(jīng)營地點(diǎn)遷移時(shí)增值稅留抵稅額處理
《關(guān)于一般納稅人遷移有關(guān)增值稅問題的公告》(國家稅務(wù)總局2011年第71號公告)規(guī)定：
(一)增值稅一般納稅人(以下簡稱納稅人)因住所、經(jīng)營地點(diǎn)變動，按照相關(guān)規(guī)定，在工商行政管理部門作變更登記處理，但因涉及改變稅務(wù)登記機(jī)關(guān)，需要辦理注銷稅務(wù)登記并重新辦理稅務(wù)登記的，在遷達(dá)地重新辦理稅務(wù)登記后，其增值稅一般納稅人資格予以保留，辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額允許繼續(xù)抵扣。
(二)遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)認(rèn)真核實(shí)納稅人在辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，填寫《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》。《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》一式三份，遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存一份，交納稅人一份，傳遞遷達(dá)地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一份。
(三)遷達(dá)地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)將遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)傳遞來的《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》與納稅人報(bào)送資料進(jìn)行認(rèn)真核對，對其遷移前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，在確認(rèn)無誤后，允許納稅人繼續(xù)申報(bào)抵扣。
二、增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組中增值稅留抵稅額處理
《關(guān)于納稅人資產(chǎn)重組增值稅留抵稅額處理有關(guān)問題的公告》(國家稅務(wù)總局2012年第55號公告)規(guī)定：
(一)增值稅一般納稅人(以下稱“原納稅人”)在資產(chǎn)重組過程中，將全部資產(chǎn)、負(fù)債和勞動力一并轉(zhuǎn)讓給其他增值稅一般納稅人(以下稱“新納稅人”)，并按程序辦理注銷稅務(wù)登記的，其在辦理注銷登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額可結(jié)轉(zhuǎn)至新納稅人處繼續(xù)抵扣。
(二)原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)認(rèn)真核查納稅人資產(chǎn)重組相關(guān)資料，核實(shí)原納稅人在辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，填寫《增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》?！对鲋刀愐话慵{稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》一式三份，原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存一份，交納稅人一份，傳遞新納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一份。
(三)新納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)將原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)傳遞來的《增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》與納稅人報(bào)送資料進(jìn)行認(rèn)真核對，對原納稅人尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，在確認(rèn)無誤后，允許新納稅人繼續(xù)申報(bào)抵扣。
三、增值稅一般納稅人清算注銷時(shí)增值稅留抵稅額處理
(一)《關(guān)于增值稅若干政策的通知》(財(cái)稅[2005]165號)規(guī)定：一般納稅人注銷或被取消輔導(dǎo)期一般納稅人資格，轉(zhuǎn)為小規(guī)模納稅人時(shí)，其存貨不作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出處理，其留抵稅額也不予以退稅。
(二)《企業(yè)所得稅法》第八條和《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第三十一條的規(guī)定：企業(yè)發(fā)生的除企業(yè)所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項(xiàng)稅金及其附加，準(zhǔn)予在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。
因此雖然一般納稅人注銷時(shí)留抵的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額不予以退稅，但在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)是準(zhǔn)予扣除的。
(三)根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《中華人民共和國企業(yè)清算所得稅申報(bào)表》的通知(國稅函[2009]388號)，應(yīng)將其填入《企業(yè)清算所得稅申報(bào)表填報(bào)說明》附表二《負(fù)債清償損益明細(xì)表》第9行“應(yīng)交稅費(fèi)”中，并以此在清算申報(bào)表主表第二行“負(fù)債清償損益”中反映。
四、“營改增”企業(yè)增值稅留抵稅額的處理
(一)《關(guān)于在全國開展交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)稅收政策的通知》(財(cái)稅[2013]37號)規(guī)定：原增值稅一般納稅人兼有應(yīng)稅服務(wù)的，截止到本地區(qū)試點(diǎn)實(shí)施之日前的增值稅期末留抵稅額，不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項(xiàng)稅額中抵扣。
(二)《關(guān)于營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)有關(guān)預(yù)算管理問題的通知》(財(cái)預(yù)[2013]275號)規(guī)定：納稅人兼有適用一般計(jì)稅方法計(jì)稅的應(yīng)稅服務(wù)、銷售貨物或應(yīng)稅勞務(wù)的，按照銷項(xiàng)稅額的比例劃分應(yīng)納稅額，分別作為改征增值稅和現(xiàn)行增值稅收入入庫。
也就是說企業(yè)整體應(yīng)納稅額按照銷項(xiàng)稅額的比例去劃分銷售貨物或應(yīng)稅勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)的應(yīng)納稅額，從而解決“留抵稅額”問題。
五、增值稅留抵稅額抵繳一般納稅人拖欠納稅檢查應(yīng)補(bǔ)繳的增值稅稅款的處理
(一)《關(guān)于增值稅一般納稅人用進(jìn)項(xiàng)留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》(國稅發(fā)[2004]112號)規(guī)定：
1.對納稅人因銷項(xiàng)稅額小于進(jìn)項(xiàng)稅額而產(chǎn)生期末留抵稅額的，應(yīng)以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。
2.納稅人發(fā)生用進(jìn)項(xiàng)留抵稅額抵減增值稅欠稅時(shí)，按以下方法進(jìn)行會計(jì)處理：
(1)增值稅欠稅稅額大于期末留抵稅額，按期末留抵稅額紅字借記“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅(進(jìn)項(xiàng)稅額)”科目，貸記“應(yīng)交稅金——未交增值稅”科目。
(2)若增值稅欠稅稅額小于期末留抵稅額，按增值稅欠稅稅額紅字借記“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅(進(jìn)項(xiàng)稅額)”科目，貸記“應(yīng)交稅金——未交增值稅”科目。
3.為了滿足納稅人用留抵稅額抵減增值稅欠稅的需要，將《增值稅一般納稅人納稅申報(bào)辦法》(國稅發(fā)[2003]53號)《增值稅納稅申報(bào)表》(主表)相關(guān)欄次的填報(bào)口徑作如下調(diào)整：
(1)第13項(xiàng)“上期留抵稅額”欄數(shù)據(jù)，為納稅人前一申報(bào)期的“期末留抵稅額”減去抵減欠稅額后的余額數(shù)，該數(shù)據(jù)應(yīng)與“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”明細(xì)科目借方月初余額一致。
(2)第25項(xiàng)“期初未繳稅額(多繳為負(fù)數(shù))”欄數(shù)據(jù)，為納稅人前一申報(bào)期的“期末未繳稅額(多繳為負(fù)數(shù))”減去抵減欠稅額后的余額數(shù)。
(二)《關(guān)于增值稅進(jìn)項(xiàng)留抵稅額抵減增值稅欠稅有關(guān)處理事項(xiàng)的通知》(國稅函[2004]1197號)規(guī)定：
1.關(guān)于稅務(wù)文書的填開
當(dāng)納稅人既有增值稅留抵稅額，又欠繳增值稅而需要抵減的，應(yīng)由縣(含)以上稅務(wù)機(jī)關(guān)填開《增值稅進(jìn)項(xiàng)留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》(以下簡稱《通知書》，式樣見附件)一式兩份，納稅人、主管稅務(wù)機(jī)關(guān)各一份。
2.關(guān)于抵減金額的確定
抵減欠繳稅款時(shí)，應(yīng)按欠稅發(fā)生時(shí)間逐筆抵扣，先發(fā)生的先抵。抵繳的欠稅包含呆賬稅金及欠稅滯納金。確定實(shí)際抵減金額時(shí)，按填開《通知書》的日期作為截止期，計(jì)算欠繳稅款的應(yīng)繳未繳滯納金金額，應(yīng)繳未繳滯納金金額加欠稅金額為欠繳總額。若欠繳總額大于期末留抵稅額，實(shí)際抵減金額應(yīng)等于期末留抵稅額，并按配比方法計(jì)算抵減的欠稅和滯納金;若欠繳總額小于期末留抵稅額，實(shí)際抵減金額應(yīng)等于欠繳總額。