根據(jù)《增值稅暫行條例》規(guī)定，設(shè)分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)該如何納稅申報(bào)，要分情況而定：
　?。?）總、分機(jī)構(gòu)在同一縣（市）的，如果統(tǒng)一核算，總機(jī)構(gòu)應(yīng)統(tǒng)一納稅申報(bào)；如果單獨(dú)進(jìn)行核算，總、分機(jī)構(gòu)應(yīng)分別進(jìn)行納稅申報(bào)。
　?。?）總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。經(jīng)國(guó)家稅務(wù)總局或其授權(quán)的稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。
　?。?）如屬消費(fèi)稅納稅范圍，根據(jù)《消費(fèi)稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》規(guī)定，納稅人的總機(jī)構(gòu)與分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)在生產(chǎn)應(yīng)稅消費(fèi)品的分支機(jī)構(gòu)所在地繳納消費(fèi)稅，但經(jīng)國(guó)家稅務(wù)總局及所屬稅務(wù)局批準(zhǔn)，納稅人分支機(jī)構(gòu)應(yīng)納消費(fèi)稅稅款也可由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納。