如今，農(nóng)民專業(yè)合作社得到快速發(fā)展。根據(jù)《增值稅一般納稅人資格認定管理辦法》(國家稅務(wù)總局令第22號)第三條的規(guī)定，增值稅納稅人(以下簡稱納稅人)，年應(yīng)稅銷售額超過財政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定的小規(guī)模納稅人標準的，除本辦法第五條規(guī)定外，應(yīng)當向主管稅務(wù)機關(guān)申請一般納稅人資格認定。因此，對于達到一定規(guī)模的農(nóng)業(yè)合作社，應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)申請一般納稅人資格認定。
　　農(nóng)民專業(yè)合作社被認定為增值稅一般納稅人后，因為銷售的是本社成員生產(chǎn)的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于農(nóng)民專業(yè)合作社有關(guān)稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)*9條的規(guī)定，對農(nóng)民專業(yè)合作社銷售本社成員生產(chǎn)的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，視同農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)農(nóng)業(yè)產(chǎn)品免征增值稅。
　　《增值稅暫行條例》第二十一條第三項規(guī)定，銷售貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)適用免稅的不得開具增值稅專用發(fā)票。根據(jù)該規(guī)定，農(nóng)民專業(yè)合作社不能開具增值稅專用發(fā)票?！敦斦?、國家稅務(wù)總局關(guān)于免征部分鮮活肉蛋產(chǎn)品流通環(huán)節(jié)增值稅政策的通知》(財稅〔2012〕75號)第三條規(guī)定，增值稅暫行條例第八條所列準予從銷項稅額中扣除的進項稅額的第(三)項所稱的“銷售發(fā)票”，指小規(guī)模納稅人銷售農(nóng)產(chǎn)品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務(wù)機關(guān)代開的普通發(fā)票，排除了增值稅一般納稅人(包括農(nóng)民專業(yè)合作社)取得的普通發(fā)票不能抵扣銷項稅額。這將直接影響農(nóng)民專業(yè)合作社的經(jīng)濟利益。
　　鑒于此種情況，農(nóng)民專業(yè)合作社為了銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品，并且購買方能抵扣銷項稅額，可以選擇放棄免稅。根據(jù)《增值稅暫行條例實施細則》第三十六條的規(guī)定，納稅人銷售貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)適用免稅規(guī)定的，可以放棄免稅，依照條例的規(guī)定繳納增值稅。農(nóng)民專業(yè)合作社放棄免稅后，就能開具增值稅專用發(fā)票，同時可以向本社社員開具收購發(fā)票計提進項稅額。政策依據(jù)是:《發(fā)票管理辦法》第十九條規(guī)定，銷售商品、提供服務(wù)以及從事其他經(jīng)營活動的單位和個人，對外發(fā)生經(jīng)營業(yè)務(wù)收取款項，收款方應(yīng)當向付款方開具發(fā)票;特殊情況下，由付款方向收款方開具發(fā)票的規(guī)定。因為本社社員不能開具銷售發(fā)票，屬特殊情況，由農(nóng)民專業(yè)合作社向本社社員開具收購發(fā)票。經(jīng)過這樣處理，農(nóng)民專業(yè)合作社就可開具增值稅專用發(fā)票，向本社社員開具的網(wǎng)絡(luò)收購發(fā)票能按收購價依13%的扣除率計算進項稅額。由于經(jīng)營農(nóng)產(chǎn)品的稅收政策是“高抵低征”，原價收購原價銷售還會產(chǎn)生留抵稅，放棄免稅后不會增加合作社的稅負，相反還有留抵稅，企業(yè)可以進行多種經(jīng)營，這樣稅負也很低。不過，農(nóng)民專業(yè)合作社放棄免稅后，企業(yè)的財務(wù)核算將比較復(fù)雜，相應(yīng)的電子設(shè)備款項要增加，合作社要有所考慮。