根據(jù)財(cái)政預(yù)算支出管理的特點(diǎn)和具體要求，結(jié)合內(nèi)部控制的相關(guān)理論，可把財(cái)政預(yù)算支出管理中的內(nèi)部控制問題歸納為以下幾個(gè)方面：
　　一、過程控制
　　過程控制旨在確保只有經(jīng)過正確授權(quán)的指令才予以執(zhí)行，要求對預(yù)算支出的每一過程都要進(jìn)行有效的控制和監(jiān)督。預(yù)算執(zhí)行過程中最基本的控制環(huán)節(jié)有：
　　1、在承諾階段，需要核實(shí)：(1)支出計(jì)劃是否由法定批準(zhǔn)人批準(zhǔn)；(2)資金是否按照預(yù)算規(guī)定的用途撥付，且在適當(dāng)?shù)闹С鲱愋椭斜Ａ糇銐虻馁Y金；(3)撥付的資金是否列入正確的科目。
　　2、當(dāng)提供了商品和服務(wù)后，必須核實(shí)：是否已收到有關(guān)商品和已提供某項(xiàng)服務(wù)的有關(guān)單據(jù)證明。
　　3、在支付之前，需確認(rèn)：(1)是否存在有效的支出義務(wù)；(2)有關(guān)專業(yè)人員證明所提供的商品和所收到的服務(wù)是否滿足預(yù)期標(biāo)準(zhǔn)；(3)發(fā)票和其他有關(guān)支付票據(jù)是否是正確的或適合支付的；(4)驗(yàn)明收款人。
　　4、在最終支付之后，需對所有相關(guān)支出進(jìn)行檢查和復(fù)審，對不規(guī)范之處應(yīng)予匯報(bào)。
　　總體上，在任何機(jī)構(gòu)之內(nèi)，在授權(quán)支出、批準(zhǔn)合同和發(fā)出購買的指令、確認(rèn)收到的商品和服務(wù)、履行支付等方面都必須有明確的職責(zé)分工。其中，一些職責(zé)可以由同一人或同一部門擔(dān)負(fù)。但是，在大多數(shù)情況下，同一人或同一部門不應(yīng)既負(fù)責(zé)支付，又負(fù)責(zé)其他活動(dòng)或控制支出。這種安排實(shí)際就是內(nèi)部牽制原則的體現(xiàn)。
　　政府部門之間這些職責(zé)的分工支配著支出單位和核心部門(財(cái)政部門、財(cái)務(wù)控制部門)之間的職權(quán)分配。在不同的國家，這種控制可以是相關(guān)各部門的內(nèi)部控制，也可以由綜合管理部門如財(cái)政部門、財(cái)務(wù)控制辦公室來完成。
　　二、會(huì)計(jì)控制
　　許多國家的預(yù)算體系都是通過會(huì)計(jì)控制來確保遵照執(zhí)行的。有效的會(huì)計(jì)控制，應(yīng)保證清晰地記錄預(yù)算支出和撥款或預(yù)算項(xiàng)目間的變化(如，分?jǐn)偂⒄{(diào)查、預(yù)算追加等)。無論會(huì)計(jì)基礎(chǔ)如何，會(huì)計(jì)控制都應(yīng)做到：(1)會(huì)計(jì)記錄必須要有足夠而合理的程序，包括對收付事項(xiàng)進(jìn)行系統(tǒng)的登記、足夠的安全系統(tǒng)以及與銀行賬目的核對系統(tǒng)等；(2)所有的支出與收入事項(xiàng)都應(yīng)該按照相同的方法登記到相應(yīng)的賬戶中；(3)按照經(jīng)濟(jì)種類和職能作用對支出進(jìn)行一般劃分；(4)會(huì)計(jì)記錄必須明晰，文件程序必須完備；(5)會(huì)計(jì)報(bào)表的編制必須規(guī)范；(6)跟蹤支出周期(立項(xiàng)、審批和支付)每個(gè)階段的撥款使用(預(yù)算會(huì)計(jì))系統(tǒng)，等等。
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