內(nèi)部審計機構(gòu)的設(shè)置應遵守前述原則，并結(jié)合部門、單位的組織管理體系等具體情況予以設(shè)置。一般而言，內(nèi)部審計機構(gòu)的設(shè)置采取分級管理和集中管理兩種方式。
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　　所謂分級管理方式，是指按照部門、單位的組織級次設(shè)置審計機構(gòu)，一級組織相應設(shè)置一級審計機構(gòu)；部門、單位本級的審計機構(gòu)對下屬各內(nèi)部審計機構(gòu)進行統(tǒng)一指導，下屬審計機構(gòu)獨立行使職權(quán)。分級管理的方式可使內(nèi)部審計人員熟悉各自單位的環(huán)境和情況，使審計有較強的針對性和及時性；但也會使內(nèi)部審計機構(gòu)過于龐大，內(nèi)部審計人員會受到所在單位負責人的一定約束，獨立性程度相對較差。
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　　所謂集中管理方式，是指只在本部門、本單位*6層次設(shè)置內(nèi)部審計機構(gòu)，在下屬基層不專門設(shè)置內(nèi)部審計機構(gòu)，由專門派出的審計人員對下屬單位進行審計。在這種設(shè)置方式下，派出人員對下屬單位具有較高的權(quán)威，其獨立性程度也較高。但要求加強審計的計劃性，在了解下屬單位的實際情況之后，再開展工作。
　　實際上，分級管理與集中管理也不是截然分開的，內(nèi)部審計機構(gòu)的設(shè)置可根據(jù)企業(yè)的特點靈活選擇。如一些特大型的企業(yè)，或是下屬單位眾多的部門，就宜采用分級管理的形式；如有必要，也可在部門內(nèi)對一些較小的下屬機構(gòu)，實行集中管理。對一些規(guī)模不大的企業(yè)事業(yè)單位，可根據(jù)需要，或者設(shè)置內(nèi)部審計機構(gòu)，或者不設(shè)內(nèi)部審計機構(gòu)而配備專職人員；對一些專題審計項目，還可聘請臨時性的審計人員進行審計。
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