在新的形勢下，生產(chǎn)型增值稅的弊端也越發(fā)明顯：
　　1、不利于降低投資稅負，影響經(jīng)濟增長。生產(chǎn)型增值稅17%的稅率相當于消費型增值稅23%稅率的負擔水平，對擴大投資帶來不利影響。
　　2、不利于促進產(chǎn)業(yè)結構調整和技術升級。生產(chǎn)型增值稅加重了企業(yè)機器設備購置成本，抑制了企業(yè)技術改造和設備更新的積極性，特別不利于基礎產(chǎn)業(yè)和資本、技術密集型產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
　　3、不利于提高國內產(chǎn)品的競爭力。生產(chǎn)型增值稅導致對進口產(chǎn)品征稅不足、對出口產(chǎn)品退稅不足，既不利于國內產(chǎn)品開拓國際國內市場，也不利于擴大進口替代產(chǎn)品的生產(chǎn)。
　　4、不利于公平內外資企業(yè)之間增值稅稅負?，F(xiàn)行稅制對外商投資企業(yè)在投資總額內購買國產(chǎn)設備準予退還已繳納的增值稅，對部分進口設備實行免征進口環(huán)節(jié)增值稅，實際上相當于給予了部分外資企業(yè)和進口設備消費型增值稅的待遇，從而使內資企業(yè)和國內生產(chǎn)的設備處于不利的競爭地位。
　　5、不利于稅收管理成本的降低。實行“生產(chǎn)型”增值稅，企業(yè)必須將可抵扣的購進貨物、勞務與不可抵扣的購進貨物、勞務分開，使計算變得復雜，也增加了稅務機關審查的工作量，既提高了稅務機關的征收成本，也提高了納稅人的奉行成本。
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