專業(yè)型：以專業(yè)實踐為導向，側(cè)重案例分析和實踐研究，主要培養(yǎng)在專業(yè)和專門技術上受到正規(guī)的、高水平訓練的高層次人才。
學術型：以學術研究為導向，側(cè)重理論學習和研究，主要培養(yǎng)大學老師和科研人員。
二、導師制度不同
專業(yè)型：實行雙導師制或?qū)熃M制。
學術型：實行單導師制。
三、課程學制不同
專業(yè)型：部分院校實行彈性學制，學制一般是2-3年，但對于學習期間有特殊情況者，可適當延長至4-5年。
學術型：學制一般是3年。
四、招生專業(yè)不同
專業(yè)型：目前大概有40個專業(yè)學位，專業(yè)針對性較強，分為管理和非管理兩類。
學術型：專業(yè)范圍較廣，涵蓋各個學科領域。
五、報考條件不同
專業(yè)型：部分管理類專業(yè)（比如MBA、MPA等）有工作經(jīng)驗年限要求。
學術型：一般不要求工作經(jīng)驗，報考人員多為應屆畢業(yè)生。
六、調(diào)劑情況不同
專業(yè)型：不可以調(diào)劑到學術型碩士（臨床醫(yī)學除外）。
學術型：大多數(shù)可以調(diào)劑到專業(yè)型碩士。
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