資金匯劃清算系統(tǒng)的結構，由匯劃業(yè)務經辦行(簡稱經辦行)、清算行、省區(qū)分行及總行清算中心組成。
資金匯劃清算的基本做法與基本程序：實存資金，同步清算，頭寸控制、集中監(jiān)督。(三)資金匯劃清算的科目設置與賬戶開立：上存系統(tǒng)內款項、系統(tǒng)內款項存放、待清算轄內往來
資金匯劃清算設置的會計科目有：上存系統(tǒng)內款項、系統(tǒng)內款項存放、待清算轄內往來。
(1)發(fā)報經辦行根據匯劃業(yè)務種類進行賬務處理。匯劃貸報業(yè)務：借：XX科目貸：待清算轄內往來匯劃借報業(yè)務的會計分錄相反。業(yè)務數據經過復核，按規(guī)定權限授權無誤后，產生有效匯劃數據發(fā)送至清算行。
(2)發(fā)報清算行收到發(fā)報經辦行傳輸來的跨清算行匯劃業(yè)務后，對發(fā)來的貸報匯劃業(yè)務的處理：借：待清算轄內往來貸：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶如為借報匯劃業(yè)務的會計分錄相反。
(3)總行清算中心收到各發(fā)報清算行匯劃款項由計算機自動登記后，將款項傳送至收報清算行。每天營業(yè)終了后更新各清算行的備付金存款賬戶。貸報匯劃業(yè)務更新的會計分錄為：借：系統(tǒng)內款項存放發(fā)報清算行存放備付金貸：系統(tǒng)內款項存放收報清算行存放備付金借報匯劃業(yè)務的分錄相反。
(4)收報清算行收到總行清算中心傳來的匯劃業(yè)務數據，實時業(yè)務及時傳送至收報經辦行，批量業(yè)務于次日傳送至收報經辦行。具體處理方式分為集中式和分散式。
A.集中式:集中式是收報清算行作為業(yè)務處理中心，負責全轄匯劃收報的集中處理及匯出匯款、應解匯款等內部賬務的集中管理。收到傳來的實時匯劃數據，如為貸報業(yè)務會計分錄為(借報業(yè)務相反)：借：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶貸：待清算轄內往來借：待清算轄內往來貸：XX科目收到批量匯劃數據，日終進行掛賬處理，貸報業(yè)務的會計分錄為：借：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶貸：其他應付款待處理匯劃款相戶借報匯劃業(yè)務通過"其他應收款"科目核算。次日清算行代經辦行確認后記賬。貸報業(yè)務的會計分錄為(借報業(yè)務反向處理)：借：其他應付款待處理匯劃款項戶貸：待清算轄內往來借：待清算轄內往來貸：XX科目
B.分散式:分散式是收到總行傳來的匯劃數據后均傳至收報經辦行處理。收到實時匯劃數據要即時傳至收報經辦行。貸報匯劃業(yè)務的會計分錄為(借報業(yè)務反向處理)：借：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶貸：待清算轄內往來收到批量匯劃數據先掛賬處理轉入"其他應付款"或"其他應收款"科目，待次日收報經辦行確認后通過"待清算轄內往來"科目傳至收報經辦行。
(5)采用分散式處理的，收報經辦行收到匯劃業(yè)務，分別貸報和借報業(yè)務進行處理。貸報業(yè)務的會計分錄為(借報業(yè)務反向處理)：借：待清算轄內往來貸：XX科目
(6)系統(tǒng)內拆借資金清算行在總行清算中心的備付金賬戶資金不足支付時，可以通過人民銀行匯款補足，如不能通過人民銀行匯款補足，則通過系統(tǒng)內借款補足。系統(tǒng)內借款有一般借入和強行借入。一般借入是清算行主動向管轄行申請借入資金。清算行向省區(qū)分行借入，在省區(qū)分行借出后，還應通知總行調整省區(qū)分行和清算行的備付金賬戶。省區(qū)分行借出款項的會計分錄：借：系統(tǒng)內借出一般借出戶貸：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶
總行清算中心收到省區(qū)分行借出資金后，會計分錄為：借：系統(tǒng)內款項存放XX省區(qū)分行存放備付金戶貸：系統(tǒng)內款項存放XX清算行存放備付金戶清算行收到借款信息后的處理：借：上存系統(tǒng)內款項上存總行備付金戶貸：系統(tǒng)內借入一般借入戶省區(qū)分行資金不足可以向總行借入。強行借款是在總行清算中心的備付金不足又不能及時借款補足，總行清算中心代省區(qū)分行強行借款給二級分行，省區(qū)分行資金不足，由總行清算中心強行向其借款。各級行的核算與一般借款基本相同，但應當在"系統(tǒng)內借款"科目下設"強行借款戶"。
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