(一)土地增值稅的清算受理：
1.符合下列情形之一的，納稅人應(yīng)進(jìn)行土地增值稅的清算：(滿足清算條件之日起90日內(nèi)辦理清算手續(xù))
(1)房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷售的;
(2)整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的;
(3)直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。
2.符合下列情形之一的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：(在納稅人收到清算通知之日起90天內(nèi)辦理清算手續(xù))
(1)已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個(gè)項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的;(2013年單選題考點(diǎn))
(2)取得銷售(預(yù)售)許可證滿三年仍未銷售完畢的;
(3)納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的;
(4)省稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的其他情況。
(二)土地增值稅清算時(shí)相關(guān)問題的處理：
1.土地增值稅清算時(shí)收入的確認(rèn)
已全額開具商品房銷售發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額確認(rèn)收入;未開具發(fā)票或未全額開具發(fā)票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認(rèn)收入。銷售合同所載商品房面積與有關(guān)部門實(shí)際測量面積不一致，在清算前已發(fā)生補(bǔ)、退房款的，應(yīng)在計(jì)算土地增值稅時(shí)予以調(diào)整。
2.質(zhì)量保證金的扣除
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在工程竣工驗(yàn)收后，根據(jù)合同約定，扣留建筑安裝施工企業(yè)一定比例的工程款，作為開發(fā)項(xiàng)目的質(zhì)量保證金。質(zhì)量保證金開具發(fā)票的，按發(fā)票所載金額予以扣除;未開具發(fā)票的，扣留的質(zhì)保金不得計(jì)算扣除。
4.逾期開發(fā)繳納的土地閑置費(fèi)不得扣除。
5.契稅，應(yīng)視同“按國家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關(guān)費(fèi)用”，計(jì)入“取得土地使用權(quán)所支付的金額”中扣除。
6.拆遷安置費(fèi)的扣除，按以下規(guī)定處理：
(1)房地產(chǎn)企業(yè)用建造的該項(xiàng)目房地產(chǎn)安置回遷戶的，安置用房視同銷售處理，按(國稅發(fā)[2006]187號(hào))第三條第(一)款規(guī)定確認(rèn)收入(即按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價(jià)格確定;或由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)參照當(dāng)?shù)禺?dāng)年、同類房地產(chǎn)的市場價(jià)格或評估價(jià)值確定)，同時(shí)將此確認(rèn)為房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的拆遷補(bǔ)償費(fèi)。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)支付給回遷戶的補(bǔ)差價(jià)款，計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi);回遷戶支付給房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的補(bǔ)差價(jià)款，應(yīng)抵減本項(xiàng)目拆遷補(bǔ)償費(fèi)。
(2)開發(fā)企業(yè)采取異地安置，異地安置的房屋屬于自行開發(fā)建造的，房屋價(jià)值按國稅發(fā)[2006]187號(hào)第三條第(一)款的規(guī)定計(jì)算，計(jì)入本項(xiàng)目的拆遷補(bǔ)償費(fèi);異地安置的房屋屬于購入的，以實(shí)際支付的購房支出計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi)。
(3)貨幣安置拆遷的，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)憑合法有效憑據(jù)計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi)。
7. 預(yù)繳土地增值稅后，清算補(bǔ)繳的土地增值稅，在主管稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的期限內(nèi)補(bǔ)繳的，不加收滯納金。
(三)清算審核方法
1.非直接銷售和自用房地產(chǎn)的收入確定
(1)房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產(chǎn)品用于職工福利、獎(jiǎng)勵(lì)、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務(wù)、換取其他單位和個(gè)人的非貨幣性資產(chǎn)等，發(fā)生所有權(quán)轉(zhuǎn)移時(shí)應(yīng)視同銷售房地產(chǎn)，其收入按下列方法和順序確認(rèn)：
①按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價(jià)格確定;
②由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)參照當(dāng)?shù)禺?dāng)年、同類房地產(chǎn)的市場價(jià)格或評估價(jià)值確定。
2.房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)的部分房地產(chǎn)轉(zhuǎn)為企業(yè)自用或用于出租等商業(yè)用途時(shí)，如果產(chǎn)權(quán)未發(fā)生轉(zhuǎn)移，不征收土地增值稅，在稅款清算時(shí)不列收入，不扣除相應(yīng)的成本和費(fèi)用。
3.其他：
(1)扣除取得土地使用權(quán)所支付的金額、房地產(chǎn)開發(fā)成本、費(fèi)用及與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)稅金，須提供合法有效憑證;不能提供合法有效憑證的，不予扣除。
(2)與清算項(xiàng)目配套的居委會(huì)和派出所用房、會(huì)所、停車場(庫)、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學(xué)校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通信等公共設(shè)施，按以下原則處理：
A.建成后產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主所有的，其成本、費(fèi)用可以扣除;
B.建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會(huì)公共事業(yè)的，其成本、費(fèi)用可以扣除;
C.建成后有償轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)計(jì)算收入，并準(zhǔn)予扣除成本、費(fèi)用。
(3)銷售已裝修的房屋的裝修費(fèi)用可以計(jì)入房地產(chǎn)開發(fā)成本。房預(yù)提費(fèi)用，除另有規(guī)定外，不得扣除。
4.在土地增值稅清算時(shí)未轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)，清算后銷售或有償轉(zhuǎn)讓的，納稅人應(yīng)按規(guī)定進(jìn)行土地增值稅的納稅申報(bào)，扣除項(xiàng)目金額按清算時(shí)的單位建筑面積成本費(fèi)用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計(jì)算。