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1.購進不得從銷項稅額中抵扣進項稅額的貨物的，與之相關(guān)的運輸費用不得抵扣進項稅額?！对鲋刀悤盒袟l例》第十條第五款明確：對不得從銷項稅額中抵扣進項稅額的購進貨物，其發(fā)生的運費不得從銷項稅額中抵扣進項稅額。不得從銷項稅額中抵扣進項稅額的購進貨物包括以下四種情況：一是用于非增值稅應(yīng)稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物；二是非正常損失的購進貨物；三是非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購進貨物；四是國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的納稅人自用消費品。應(yīng)當(dāng)注意的是，增值稅一般納稅人購進的既用于增值稅應(yīng)稅項目（不含免征增值稅項目）也用于非增值稅應(yīng)稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的固定資產(chǎn)，其發(fā)生的運輸費用允許進項稅抵扣。
2.所銷售的貨物為免稅的，其運輸費用的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。《增值稅暫行條例》第十條規(guī)定：銷售免稅貨物的運輸費用的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
3. 偏高的運輸費用不予抵扣進項稅額?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于加強增值稅征收管理若干問題〉的通知》（國稅發(fā)[1995]192號）規(guī)定：納稅人購進、銷售貨物所支付的運輸費用明顯偏高，經(jīng)過審核不合理的，不予抵扣運輸費用。實際操作中，稅務(wù)部門一般對取得運輸發(fā)票的企業(yè)每輛車核定運輸收入*6限額，超過限額的收入即認為不合理。
4.運費支付的對象與提供運輸勞務(wù)單位不一致，不能抵扣進項稅額?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于加強增值稅征收管理若干問題〉的通知》（國稅發(fā)[1995]192號）*9條第三款規(guī)定：“納稅人購進貨物或應(yīng)稅勞務(wù)，支付運輸費用，所支付款項的單位必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務(wù)的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，否則不予抵扣。”根據(jù)這一規(guī)定，直接付給中間商，由中間商再與供貨方結(jié)算，造成開票方與付款流向不一致，其進項稅額不能抵扣。但對一般納稅人購進或銷售貨物通過鐵路運輸，并取得鐵路部門開具的運輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發(fā)票托運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發(fā)票托運人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運輸發(fā)票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許抵扣進項稅額。
5.貨運定額發(fā)票不予抵扣進項稅額。《國家稅務(wù)總局〈關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國稅函發(fā)[1995]288號）規(guī)定：準予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。國稅發(fā)[1995]192號文件規(guī)定，增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。
6.郵寄費不允許計算進項稅額抵扣?！秶叶悇?wù)總局關(guān)于印發(fā)〈增值稅問題解答〈之一〉〉有通知》（國稅函[1995]288號）規(guī)定：增值稅一般納稅人采用郵寄方式銷售、購買貨物所支付的郵寄費不允許計算進項稅額抵扣。但另據(jù)《國家稅務(wù)總局〈關(guān)于鐵路運費進項稅額抵扣有關(guān)問題〉的補充通知》（國稅函[2003]970號）規(guī)定，中國鐵路包裹快運公司為客戶提供運輸勞務(wù)，屬于鐵路運輸企業(yè)。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包干費、超重費、到付運費和轉(zhuǎn)運費，可按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。
7.裝卸費、保險費用等其他雜費不得抵扣進項稅。《增值稅暫行條例實施細則》第十八條規(guī)定：允許抵扣的運輸費用金額，是指運輸費用結(jié)算單據(jù)上注明的運輸費用（包括鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）、建設(shè)基金，不包括裝卸費、保險費等其他雜費。也就是說，對運輸費用中同時支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得從銷項稅額中抵扣。并且《國家稅務(wù)總局〈關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）明確規(guī)定：貨運發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的全部不予抵扣。
國稅函[2005]332號文件規(guī)定，鐵路運輸發(fā)票自 2005年4月1日起，增值稅一般納稅人購進或銷售貨物（固定資產(chǎn)除外）所支付的運輸費用（包括未列明的新增的鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）準予抵扣。準予抵扣的范圍僅限于鐵路運輸企業(yè)開具各種運營費用和鐵路建設(shè)基金，隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。東北地區(qū)擴大增值稅抵扣范圍企業(yè)購進或銷售固定資產(chǎn)支付的運輸費用準予抵扣。
8.項目填列不符的發(fā)票。國稅發(fā)[1995]192號文件規(guī)定，購貨發(fā)票所列項目不符，不準予抵扣。準予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票，其發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發(fā)票上所列的有關(guān)項目必須相符，否則不予抵扣。
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅若干政策的通知》（財稅[2005]165號）規(guī)定：一般納稅人取得的匯總開具的運輸發(fā)票，凡附有運輸企業(yè)開具并加蓋財務(wù)專用章或發(fā)票專用章的運輸清單，允許抵扣進項稅額。一般納稅人取得的項目填寫不齊全的運輸發(fā)票（附有運輸清單的匯總開具的運輸發(fā)票除外）不得計算抵扣進項稅額?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題〉的通知》（國稅發(fā)明電[2003]55號）規(guī)定“準予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票的填寫，其發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發(fā)票上所列的有關(guān)項目必須相符，否則不予抵扣。抵扣進項稅的運輸費用結(jié)算單據(jù)必須按欄目如實一次性填開，一項運輸業(yè)務(wù)無法明確單位運價和運輸里程時，除”運價“和”里程“兩項內(nèi)容外，其余各欄次項目必須填寫齊全、規(guī)范、完整，運輸費用和其他費用必須分別注明。
如果納稅人未按規(guī)定要求填寫《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》或者填寫內(nèi)容不全的，該張運輸發(fā)票不得計算抵扣進項稅額。自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實填開貨物運輸業(yè)發(fā)票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業(yè)發(fā)票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開票的，應(yīng)在運費發(fā)票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開票人專用章”和財務(wù)專用章。
9.貨運代理發(fā)票。民用航空運費發(fā)票對于增值稅一般納稅人在外購和銷售貨物（固定資產(chǎn)除外）中取得的民用航空貨票，根據(jù)國稅發(fā)[1995]192號文件的規(guī)定是準予抵扣的。財稅[2005]165號文件規(guī)定：一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票，不得計算抵扣進項稅額。
對于民用航空貨票抵扣增值稅進項稅的問題并沒有非常詳細的規(guī)定。但是，一般納稅人只有取得民用航空公司開具額貨票才能抵扣增值稅進項稅。而在實際業(yè)務(wù)處理過程中，航空公司的貨運業(yè)務(wù)一般是外包給大型貨運代理公司運作的，即航空公司一般不直接面對市場承接航空運輸業(yè)務(wù)。因此，一般納稅人在通過航空運輸
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