2008年4月，科技部、財政部和國家稅務總局聯(lián)合發(fā)布《高新技術企業(yè)認定管理辦法》，對依法享受稅收優(yōu)惠的高新技術企業(yè)認定條件作出了明確界定。2008年7月，科技部、財政部、國家稅務總局聯(lián)合發(fā)布了《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火[2008]362號），至此，作為《企業(yè)所得稅法》配套文件的《高新技術認定管理辦法》、《國家重點支持的高新技術領域》、《高新企業(yè)認定管理工作指引》已全部出臺，高新技術企業(yè)認定工作正式啟動。
　　結合這兩個文件規(guī)定，我們認為，企業(yè)在進行高新技術企業(yè)認定過程中，應重點關注以下幾點：
　　重新認定方能享受優(yōu)惠
　　《指引》規(guī)定，2007年底前國家高新技術產業(yè)開發(fā)區(qū)（包括北京市新技術產業(yè)開發(fā)試驗區(qū)）內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業(yè)資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《企業(yè)所得稅法》及其實施條例等有關規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。企業(yè)亦可在資格到期后申請重新認定，但在重新認定期間只能執(zhí)行25%稅率。
　　根據(jù)《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）規(guī)定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前經工商等登記管理機關登記設立的企業(yè)，原享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優(yōu)惠的企業(yè)，可以享受過渡優(yōu)惠政策，即繼續(xù)按原稅收法律、行政法規(guī)及相關文件規(guī)定的優(yōu)惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優(yōu)惠的，其優(yōu)惠期限從2008年度起計算。
　　例如，2006年設立在北京新技術產業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的某企業(yè)，如果其在2007年底前已經取得新技術企業(yè)資格，并且該資格在過渡期內始終有效。企業(yè)在過渡期內是否須要重新認定方可繼續(xù)享受過渡優(yōu)惠，目前有兩種觀點：
　　一種觀點認為，該企業(yè)的高新資格在過渡期內有效，國發(fā)[2007]39號文規(guī)定，該企業(yè)可享受稅收優(yōu)惠至過渡期滿，不需要重新認定。如果企業(yè)在原新技術企業(yè)資格期滿之后未能重新獲得高新資格認定，那么即使在過渡期內，該企業(yè)也應適用25%的企業(yè)所得稅稅率。
　　另一種觀點認為，即使企業(yè)在過渡期內仍處于39號文所說的減免稅期及同時也在原有高新企業(yè)資格有效期內，也應及時辦理重新認定后方能繼續(xù)享受39號文中所說的減免稅優(yōu)惠政策。
　　我們更傾向于第二觀點。
　　企業(yè)過渡期內的各項指標符合《認定辦法》規(guī)定的標準是企業(yè)繼續(xù)享受過渡期優(yōu)惠政策的前提，即企業(yè)在過渡期內仍處于39號文所說的減免稅期及同時也在原有高新企業(yè)資格有效期內，也應及時辦理重新認定后方能繼續(xù)享受39號文所說的減免稅優(yōu)惠政策。在《指引》的前言中也已經強調，“2007年底前國家高新技術產業(yè)開發(fā)區(qū)內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業(yè)資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《企業(yè)所得稅法》及其實施條例等有關規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。”企業(yè)如何理解和操作，還需等待總局相關文件明確。
　　納稅年度界定必須明確
　　國發(fā)[2007]40號規(guī)定，2008年1月1日（含）之后完成登記注冊在深圳、珠海、汕頭、廈門和海南經濟特區(qū)上海浦東新區(qū)內在的國家需要重點扶持的高新技術企業(yè)，在經濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)內取得的所得，自取得*9筆生產經營收入所屬納稅年度起，可享受二免三減半（25%的減半）的優(yōu)惠稅率的優(yōu)惠政策。
　　目前的問題是，由于〈辦法〉規(guī)定高新技術企業(yè)為在中國境內（不包括港、澳、臺地區(qū)）注冊一年以上的居民企業(yè)，因此，如果企業(yè)在2008年取得*9筆收入，由于其成立未滿一年，2008年無法認定為高新企業(yè)，若2009年被認定為高新企業(yè)，但企業(yè)也只能在2009年享受最后一年的免稅政策。
　　關注核心自主知識產權
　　根據(jù)國家知識產權局在2006年統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示，我國99%的企業(yè)沒有申請知識產權，申請了知識產權的企業(yè)只有0.17%有發(fā)明專利。因此，中國目前很多企業(yè)并不擁有核心自主知識產權。辦法規(guī)定，企業(yè)與他人簽訂5年以上的在全球范圍內獨占該項許可權利的方式取得知識產權的獨占許可，可以達到認定需要的條件。值得注意的是，由于代表企業(yè)核心競爭力的核心技術和發(fā)明專利幾乎被國外企業(yè)壟斷，申請者要取得全球范圍內的獨占許可權當前具有一定的困難，一些此前打擦邊球的企業(yè)將失去高新技術企業(yè)的資格。
　　需要注意的是，企業(yè)擁有自主知識產權，是以取得版權或者著作權證書為準。而且“近三年”是指申報當年以前的連續(xù)三年（不含申報當年）用于的知識產權，即2008年申請的企業(yè)知識產權必須是2005、2006、2007年取得的，2008年取得的證書不計算在內，而只能等到2009年申請時計入。
　　注重研發(fā)費用規(guī)劃使用
　　《辦法》和《指引》對符合條件的研究開發(fā)費用范圍進行了界定與列舉。企業(yè)應按照財企[2007]194號《關于企業(yè)加強研發(fā)費用財務管理的若干意見》規(guī)定進行研發(fā)費用的歸集，同時按照辦法及指引中所確定的研發(fā)費用的硬性指標，做好研發(fā)費用的預算和規(guī)劃。根據(jù)上述規(guī)定，我們認為，企業(yè)有必要建立一個完善的會計核算體系或者改進現(xiàn)有的會計核算系統(tǒng)，以便能夠準確記錄并按項目、類型對研發(fā)費用進行歸集，以符合辦法和《指引》的要求。另外，今后研發(fā)費的歸集*4單獨設立科目，便于將來審計。
　　指引中明確了以下3類工作人員屬于符合要求的研發(fā)人員：研究人員、技術人員以及輔助人員。除了辦法所規(guī)定的研發(fā)人員占企業(yè)當年職工總數(shù)要達到一定比例外。指引還強調，研發(fā)人員應是與企業(yè)簽訂了勞動合同并累計實際工作時間在183天以上的人員。
　　須要注意的是，企業(yè)的人員測算可以參考人事統(tǒng)計的方法，由企業(yè)自己填報。建議企業(yè)加強在人力資源方面的管理，因為工作內容描述、考勤表以及年度績效考核、勞動合同等資料，是申請高新技術企業(yè)資格時證明符合研發(fā)人員要求的強有力的支持材料，企業(yè)的人力資源部門應當可以提供這樣的信息記錄。