《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規(guī)定，被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結轉彌補。企業(yè)分立相關企業(yè)的虧損不得相互結轉彌補。被分立企業(yè)未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業(yè)繼續(xù)彌補。在企業(yè)合并重組中，如果被合并企業(yè)存在虧損，則可以有條件的限額彌補。
《企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第4號）第二十六條規(guī)定，可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額，是指按《稅法》規(guī)定的剩余結轉年限內，每年可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額。分別適用一般性稅務處理規(guī)定和特殊性稅務處理規(guī)定。
一般性重組是在企業(yè)并購交易發(fā)生時，就要確認資產、股權轉讓所得和損失，按照交易價格重新確定計稅基礎，并計算繳納企業(yè)所得稅的重組。特殊性重組是指符合一定條件的企業(yè)重組，在重組交易發(fā)生時，對股權支付部分，以企業(yè)資產、股權的原有成本為計稅基礎，暫時不確認資產、股權轉讓所得和損失，也就暫時不用納稅，將納稅義務遞延到以后履行。
企業(yè)符合財稅[2009]59號文件規(guī)定的特殊重組的條件，可以享受特殊重組的稅收優(yōu)惠。企業(yè)重組符合規(guī)定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規(guī)定進行特殊性稅務處理：企業(yè)合并，企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并，被合并企業(yè)合并前的相關所得稅事項由合并企業(yè)承繼?？捎珊喜⑵髽I(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產公允價值×截至合并業(yè)務發(fā)生當年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。
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