子口稅制的后果洋貨內銷的子口稅單和土貨外銷的三聯(lián)單、運照制度，給予洋商以深入窮鄉(xiāng)僻壤控制中國國內貿易的極其優(yōu)越地位，同時也導致華商假冒洋商名義，懸掛外國旗幟，百般依附洋商。華商往往向外商非法購買子口單，以免內地稅盤剝。1879年英國駐漢口領事報告說：上海內銷洋貨的99.9％都由購得子口單的華商所經營，至于在土貨外銷方面，據1866和1867年的《海關報告》說，自內地運棉花到寧波，內地稅高出子口稅一倍，因此華商就以每包五角的代價向外商購買三聯(lián)單去護運棉花，其結果竟使三聯(lián)單的買賣本身“成為一種交易”。
不僅如此，外銷土貨的子口稅是向出口口岸的海關交納的。如果外商和依附外商的華商自內地販買土貨，在到達出口口岸之前即行出賣，就不僅逃避了內地稅，也逃避了子口稅；如運到口岸而不出口，則他們在國內貿易上也享受用交納子口稅的方式代替內地稅。如1872年鎮(zhèn)江出口的土貨價值只占到三聯(lián)單護運流入的土貨的25％，其余75％都銷于鎮(zhèn)江及其附近地區(qū)，并未出口。
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