數(shù)據(jù)真實性和完整性要求的挑戰(zhàn)。信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法必須建立在數(shù)據(jù)真實、完整的基礎(chǔ)上，得出的結(jié)果才是真實有效的。近年，中國信息化建設(shè)飛速發(fā)展，數(shù)據(jù)格式多樣化、數(shù)據(jù)源多元化、數(shù)據(jù)修改成本降低、數(shù)據(jù)冗余加劇，給信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法的應(yīng)用帶來更大的挑戰(zhàn)。在信息系統(tǒng)中，從原始數(shù)據(jù)進入計算機到結(jié)果數(shù)據(jù)的輸出，中間的數(shù)據(jù)處理集中由程序指令自動完成，絕大部分的文字記錄消失,取而代之的是相關(guān)的日志記錄數(shù)據(jù)，存儲在磁盤上的數(shù)據(jù)很容易被修改、刪除、隱匿、轉(zhuǎn)移，又無明顯的痕跡，當然同樣包括日志數(shù)據(jù)，因此，部分信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法發(fā)現(xiàn)疑點的可能性減少了，同時增加了審計風險。
　　信息系統(tǒng)中看不見的內(nèi)控制度。在傳統(tǒng)手工系統(tǒng)中，內(nèi)部控制制度與實際控制結(jié)合緊密，內(nèi)控測試的全過程是看得見、摸得著的。在信息系統(tǒng)中，內(nèi)控制度的實現(xiàn)比手工系統(tǒng)中的更加細化與完善，但是信息系統(tǒng)中的內(nèi)部控制技術(shù)和方法卻發(fā)生了很大的變化，所有控制過程轉(zhuǎn)化成隱式事務(wù)，如何抓住關(guān)鍵控制點、利用信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法切入給信息系統(tǒng)審計帶來更大的難度。事實證明，如果信息系統(tǒng)的內(nèi)部控制有漏洞，會造成比手工系統(tǒng)更為嚴重的失誤和損失。
　　數(shù)據(jù)接口問題帶來的麻煩。信息系統(tǒng)審計發(fā)展之所以滯后于信息化發(fā)展的重要原因在于信息系統(tǒng)多種多樣、信息系統(tǒng)接口標準也不統(tǒng)一，由此所形成的憑證、賬簿、報表等格式也是多樣化的，給審計帶來了很大的麻煩。在運用信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法進行審計的時候，審計人員必須按不同的格式進行標準化處理，加重了審計人員的工作負擔，也產(chǎn)生了雙重操作可能帶來的錯誤。而且格式的轉(zhuǎn)換增加了審計環(huán)節(jié)，給數(shù)據(jù)真實性和完整性帶來新的風險，使的已顯隱蔽的審計線索更加難以捉摸，同時電子證據(jù)的認同度大打折扣。
　　信息系統(tǒng)審計的專業(yè)人才欠缺。信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法近年來發(fā)展迅速，理論日趨成熟，新的技術(shù)與方法不斷擴充，應(yīng)該說信息系統(tǒng)審計體系已經(jīng)逐步建立及完善，但是信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法的應(yīng)用一直難以推廣、新技術(shù)的應(yīng)用案例也屈指可數(shù)，其中主要原因是信息系統(tǒng)審計的專業(yè)人才欠缺，特別是缺乏能針對企業(yè)大型ERP開展信息系統(tǒng)審計的人才，致使信息系統(tǒng)審計技術(shù)與方法的應(yīng)用難以取得令人滿意的成績。

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