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我國從2008年起開始實行法人所得稅制度，強調法人企業(yè)或組織為企業(yè)所得稅的納稅人，而非獨立核算的分支機構將自動匯總到公司總部繳納企業(yè)所得稅。由此，企業(yè)在設立分支機構時，需要謹慎選擇。
如何設置分支公司細思量
《公司法》第十四條規(guī)定：“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任；分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業(yè)設立分支機構，使其不具有法人資格，且不實行獨立核算，則可由總公司匯總繳納企業(yè)所得稅。這樣可以實現(xiàn)總公司調節(jié)盈虧，合理減輕企業(yè)所得稅的負擔。當然，在設置分支機構時有三個因素應當綜合考慮。
分支機構的盈虧情況當總公司盈利、新設置的分支機構可能出現(xiàn)虧損時，應選擇總分公司模式。根據(jù)稅法規(guī)定，分公司是非獨立納稅人，其虧損可由總公司的利潤彌補；如果設立子公司，子公司是獨立納稅人，其虧損只能由以后年度實現(xiàn)的利潤彌補，且總公司不能彌補子公司的虧損，也不得沖減對子公司投資的投資成本。
當總機構虧損、新設置的分支機構可能盈利時，應選擇母子公司模式；子公司不需承擔母公司的虧損，可以自我積累資金求得發(fā)展，總公司可以把其效益好的資產(chǎn)轉移給子公司，把不良資產(chǎn)處理掉。
享受稅收優(yōu)惠的情況按照稅法規(guī)定，當總機構享受稅收優(yōu)惠而分支機構不享受優(yōu)惠時，可以選擇總分公司模式，使分支機構也享受稅收優(yōu)惠待遇。如果分公司所在地有稅收優(yōu)惠政策，則當分公司開始盈利后，可以變更注冊分公司為子公司，享受當?shù)氐亩愂諆?yōu)惠政策，這樣會收到較好的納稅效果。
分支機構的利潤分配形式及風險責任問題分支機構由于不具有獨立法人資格，所以不利于進行獨立的利潤分配。同時，分支機構如有風險及相關法律責任，可能牽連到總公司，而子公司則沒有這種擔憂。
分公司適時轉為子公司
根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》規(guī)定：企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法，即企業(yè)總機構統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機構、場所在內(nèi)的全部應納稅所得額、應納稅額。
但是，總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當?shù)貦C構進行企業(yè)所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。在每個納稅期間，總機構、分支機構應分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業(yè)所得稅。等年度終了后，總機構負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。這樣，就為分支機構合理節(jié)稅提供了政策依據(jù)和保障。
當企業(yè)設立分支機構時，由于設立初期分支機構面臨高昂的成本支出，虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較合適，可享受和總部收益盈虧互抵的好處。經(jīng)過兩三年的經(jīng)營期間，分公司開始轉虧為盈，再把分公司變更注冊為子公司，可以降低分支機構對總機構的法律影響。
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八類分支機構不需就地預繳所得稅
根據(jù)財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關于印發(fā)《跨省市總分機構企業(yè)所得稅分配及預算管理暫行辦法》的通知等相關文件規(guī)定，以下八類分支機構不需就地預繳企業(yè)所得稅，這為總部和分公司匯總納稅提供了更優(yōu)越的條件，可以更好地享受總分機構匯總納稅政策，避免了因分公司就地預繳企業(yè)所得稅而造成貨幣時間價值的損失：
●垂直管理的中央類企業(yè)，其分支機構不需要就地預繳企業(yè)所得稅。
●三級及以下分支機構不就地預繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構。
●分支機構不具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營的職能部門時，該不具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營的職能部門不就地預繳企業(yè)所得稅。
●不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級及以下分支機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。
●上年度認定為小型微利企業(yè)的，其分支機構不就地預繳企業(yè)所得稅。
●新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業(yè)所得稅。
●撤銷的分支機構，撤銷當年剩余期限內(nèi)應分攤的企業(yè)所得稅款由總機構繳入中央國庫。
●企業(yè)在中國境外設立的不具有法人資格的營業(yè)機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。
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