經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)與財(cái)務(wù)審計(jì)之間既有同，又有異。它們的相同之處表現(xiàn)在都是對(duì)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的合法性、合理性和經(jīng)濟(jì)性的監(jiān)督和評(píng)價(jià)。它們的區(qū)別主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：
①對(duì)象不同。經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)的對(duì)象是各種經(jīng)濟(jì)資料和有關(guān)的技術(shù)經(jīng)濟(jì)資料、經(jīng)營(yíng)管理活動(dòng)；而財(cái)務(wù)審計(jì)的對(duì)象僅僅是財(cái)會(huì)資料和財(cái)務(wù)收支活動(dòng)。
②目的不同。經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)通過審查各種經(jīng)濟(jì)資料和技術(shù)經(jīng)濟(jì)資料，評(píng)價(jià)單位的經(jīng)營(yíng)管理活動(dòng)是否經(jīng)濟(jì)，是否合理，是否有效益，并提出改進(jìn)意見；而財(cái)務(wù)審計(jì)則審查財(cái)會(huì)資料是否真實(shí)正確，審計(jì)財(cái)務(wù)收支是否合理合法。
③職能不同。經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)具有建設(shè)性和防護(hù)性職能，以建設(shè)性為主；而財(cái)務(wù)審計(jì)具有防護(hù)性和建設(shè)性職能，以防護(hù)性為主。
④依據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)不同。經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)的標(biāo)準(zhǔn)是有關(guān)法律、財(cái)經(jīng)法規(guī)和制度，以及計(jì)劃、目標(biāo)、定額、技術(shù)經(jīng)濟(jì)指標(biāo)、同行業(yè)同類指標(biāo)；財(cái)務(wù)審計(jì)以有關(guān)法律、財(cái)經(jīng)法規(guī)和制度為標(biāo)準(zhǔn)。
⑤方法不同。經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)除運(yùn)用財(cái)務(wù)審計(jì)方法外，還利用經(jīng)濟(jì)數(shù)學(xué)方法和現(xiàn)代管理方法，既進(jìn)行事后審計(jì)，也進(jìn)行事前審計(jì)；財(cái)務(wù)審計(jì)則通過檢查、調(diào)查和分析等方法，審查會(huì)計(jì)賬薄和財(cái)務(wù)報(bào)表，分析財(cái)務(wù)指標(biāo)，以事后審計(jì)為主。
由此可見，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)是財(cái)務(wù)審計(jì)的深入和發(fā)展。開展經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)往往從財(cái)務(wù)審計(jì)入手，即從審查資金、成本、利潤(rùn)的情況入手，然后再深入到全部經(jīng)濟(jì)活動(dòng)和經(jīng)營(yíng)管理中去。
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