根據(jù)財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)合并重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知（財(cái)稅2009年59號(hào)文），在符合其他條件的情況下，如果參加合并的各企業(yè)的股東取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，或者同一控制下且不需要支付對(duì)價(jià)的合并，被合并企業(yè)及其股東可以不按清算進(jìn)行所得稅處理。
被合并企業(yè)及其股東按清算進(jìn)行所得稅處理，一般會(huì)產(chǎn)生所得稅納稅義務(wù)，增加公司合并的稅收成本。比如：甲公司與其他公司合并，合并基準(zhǔn)日甲公司資產(chǎn)總額1000萬元，負(fù)債總額500萬元，所有者權(quán)益500萬元。經(jīng)過評(píng)估和協(xié)商各方同意甲公司進(jìn)入合并的所有者權(quán)益為1000萬元（資產(chǎn)溢價(jià)500萬元），同時(shí)根據(jù)各方協(xié)商一致合并后公司的股權(quán)比例，甲公司需要投入合并后的公司權(quán)益為500萬元。在此合并中，合并后的公司需要支付給甲公司500萬元合并資產(chǎn)溢價(jià)款，致使股權(quán)支付比例不足85%。在上例中，被合并企業(yè)就不能適用特殊性稅務(wù)處理，而只能適用一般性稅務(wù)處理，對(duì)被合并企業(yè)及其股東按清算進(jìn)行所得稅處理。甲公司因合并（清算）發(fā)生資產(chǎn)處理收益500萬元，需要繳納企業(yè)所得稅125萬元（500×25%），獲得稅后利潤(rùn)375萬元，分配給股東后股東需要繳納個(gè)人所得稅75萬元（375×20%），累計(jì)發(fā)生稅收成本200萬元，股東實(shí)得300萬元。
同是在上例中，如果甲公司將1000萬元的股東權(quán)益全部投入到合并后的公司中，進(jìn)行100%的股權(quán)支付，或者進(jìn)行85%以上的股權(quán)支付，使合并后的公司支付給甲公司的合并資產(chǎn)溢價(jià)不超過15%，甲公司就可以適用特殊性稅務(wù)處理，就不需要按照清算對(duì)公司和股東進(jìn)行所得稅處理，就可以節(jié)約稅收200萬元（并不影響甲公司資產(chǎn)的溢價(jià)）。當(dāng)然，如果存續(xù)公司的股東以500萬元的價(jià)格將甲公司的股權(quán)先購(gòu)入50%，然后再進(jìn)行合并也會(huì)使合并免受一般性所得稅處理的規(guī)定。
從企業(yè)合并的實(shí)務(wù)看，是否需要股權(quán)以外的支付以及股權(quán)以外的支付是多還是少，主要取決于以下因素：1.參加合并的公司小股東的多和少，一般來說小股東多的，發(fā)生非股權(quán)支付的數(shù)額可能就大，反之就少；2.不同意加入合并的股東多和少，如果有股東不同意加入合并后的公司，根據(jù)公司法的規(guī)定，公司就需要收購(gòu)該股東的股權(quán)，非股權(quán)支付的比例就會(huì)大，反之就會(huì)小；3.參加合并的公司資產(chǎn)評(píng)估的價(jià)值額與需公司股東投入合并后公司中資產(chǎn)價(jià)值額之間的對(duì)比關(guān)系，如果兩者相等，可能就不會(huì)有非股權(quán)支付，如果參加合并公司的資產(chǎn)的評(píng)估價(jià)值額大于需要其投入的資產(chǎn)價(jià)值額，可能就會(huì)發(fā)生非股權(quán)支付，大于的越多，非股權(quán)支付的比例就越大。
基于上述分析，參加合并的公司可以采取如下方法爭(zhēng)取適用特殊性稅務(wù)處理，從而節(jié)約合并稅收成本：1.在合并之前，主張合并的大股東收購(gòu)本公司小股東的股權(quán)，從而消除因合并要求退股的問題；2.由參加合并的股東與要求非股權(quán)支付的股東簽訂附期限生效的股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議（期限為合并后一年以上），并由參加合并的股東以訂金的方式將非股權(quán)支付額支付給享受非股權(quán)支付的股東；3.根據(jù)參加合并的各公司資產(chǎn)的評(píng)估額確定各公司股東在合并后的公司中的股份比例，消除或者控制非股權(quán)支付比例；4.對(duì)公司資產(chǎn)盤子過大，而合并資產(chǎn)受限的公司合并，也可以考慮對(duì)公司進(jìn)行先分立，后合并的方法解決非股權(quán)支付問題。
總之，無論是采取合并并購(gòu)，還是為重組進(jìn)行合并，策劃者和操作者都要在法律允許的范圍內(nèi)努力爭(zhēng)取適用公司合并的特殊性稅務(wù)處理，控制合并稅收成本。
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