國家出臺(tái)多項(xiàng)政策，鼓勵(lì)社會(huì)資本辦醫(yī)。《國務(wù)院辦公廳印發(fā)〈關(guān)于促進(jìn)社會(huì)辦醫(yī)加快發(fā)展若干政策措施的通知〉》（國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)）和《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)有關(guān)稅收政策的通知》（財(cái)稅〔2000〕42號(hào)）對(duì)社會(huì)辦醫(yī)稅收優(yōu)惠都作出了規(guī)定，納稅人在實(shí)際執(zhí)行中應(yīng)避免五個(gè)方面的誤區(qū)。
誤區(qū)一免征營業(yè)稅有價(jià)格和期限的前置條件
財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件規(guī)定，對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)按照國家規(guī)定的價(jià)格取得的醫(yī)療服務(wù)收入，免征各項(xiàng)稅收。不按照國家規(guī)定價(jià)格取得的醫(yī)療服務(wù)收入不得享受。對(duì)營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的醫(yī)療服務(wù)收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件的，自其取得執(zhí)業(yè)登記之日起，3年內(nèi)免征營業(yè)稅。
《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于公布若干廢止和失效的營業(yè)稅規(guī)范性文件的通知》（財(cái)稅〔2009〕61號(hào)）規(guī)定，財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件有關(guān)營業(yè)稅的規(guī)定，自2009年1月1日起停止執(zhí)行。
營業(yè)稅暫行條例第八條第（三）款規(guī)定，對(duì)醫(yī)院、診所和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)，免征營業(yè)稅。
國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)文件規(guī)定，對(duì)社會(huì)辦醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)，免征營業(yè)稅。
綜上，新的規(guī)定不再劃分非營利性和營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)，也不論其價(jià)格是否按國家規(guī)定價(jià)格還是自主定價(jià)，對(duì)其取得的醫(yī)療服務(wù)收入，均免征營業(yè)稅。同時(shí)取消了對(duì)營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)免征營業(yè)稅3年的時(shí)間限制。
誤區(qū)二自用車船免征車船稅
財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件規(guī)定，對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地、車船，免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅和車船使用稅。對(duì)營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地、車船自其取得執(zhí)業(yè)登記之日起，在3年內(nèi)免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅和車船使用稅。
其實(shí)，自2012年1月1日起新頒布實(shí)施的車船稅法已不再將醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用的車船（包括救護(hù)車）列入免征車船稅范圍。因此，國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)文件取消了對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用車船免征車船稅的優(yōu)惠。
誤區(qū)三自產(chǎn)自用制劑不再免征增值稅
國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)文件未對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)自產(chǎn)自用制劑是否免征增值稅作出明確規(guī)定，但至今也未有相關(guān)文件對(duì)財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件中有關(guān)自產(chǎn)自用制劑免征增值稅的政策作出廢止的規(guī)定。
此外，《國家稅務(wù)總局關(guān)于進(jìn)一步貫徹落實(shí)稅收政策促進(jìn)民間投資健康發(fā)展的意見》（國稅發(fā)〔2012〕53號(hào)）重申，對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自產(chǎn)自用的制劑，免征增值稅。
因此，財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件“對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自產(chǎn)自用的制劑，免征增值稅。對(duì)營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自產(chǎn)自用的制劑，自其取得執(zhí)業(yè)登記之日起，在3年內(nèi)免征增值稅”的優(yōu)惠仍然有效。
誤區(qū)四非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的收入全部免征企業(yè)所得稅
財(cái)稅〔2000〕42號(hào)文件規(guī)定，對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)按照國家規(guī)定的價(jià)格取得的醫(yī)療服務(wù)收入，免征各項(xiàng)稅收。對(duì)非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)將取得的非醫(yī)療服務(wù)收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)條件的部分，經(jīng)稅務(wù)部門審核批準(zhǔn)可抵扣其應(yīng)納稅所得額，就其余額征收企業(yè)所得稅。
國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)文件規(guī)定，按照企業(yè)所得稅法規(guī)定，經(jīng)認(rèn)定為非營利組織的，對(duì)其提供的醫(yī)療服務(wù)等符合條件的收入免征企業(yè)所得稅。其非營利組織的資格認(rèn)定，按照《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于非營利組織免稅資格認(rèn)定管理有關(guān)問題的通知》（財(cái)稅〔2014〕13號(hào)）執(zhí)行。對(duì)其取得的符合企業(yè)所得稅法第二十六條、企業(yè)所得稅法實(shí)施條例第八十四條至第八十五條和《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕122號(hào)）規(guī)定范圍的收入，免征企業(yè)所得稅。不符合免稅條件的收入，征收企業(yè)所得稅。
誤區(qū)五企業(yè)和個(gè)人向醫(yī)療機(jī)構(gòu)的捐贈(zèng)都可稅前扣除
國辦發(fā)〔2015〕45號(hào)文件規(guī)定，企業(yè)、個(gè)人通過公益性社會(huì)團(tuán)體或者縣級(jí)以上人民政府及其部門對(duì)社會(huì)辦非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)的捐贈(zèng)，按照稅法規(guī)定予以稅前扣除。
需要注意是，企業(yè)和個(gè)人向社會(huì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的捐贈(zèng)必須符合三方面的條件：一是接受捐贈(zèng)的部門，必須是符合條件的公益性社會(huì)團(tuán)體或縣級(jí)以上人民政府以其相關(guān)的部門；二是捐贈(zèng)款項(xiàng)用于對(duì)象，必須是社會(huì)辦非營利醫(yī)療機(jī)構(gòu)；三是企業(yè)公益性捐贈(zèng)支出，必須在企業(yè)所得稅法規(guī)定準(zhǔn)予扣除的標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)稅前扣除。因此，企業(yè)和個(gè)人向社會(huì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的捐贈(zèng)并非都可以稅前扣除。