(一)地域管轄，是根據(jù)稅務(wù)機關(guān)的管理區(qū)確定其實施稽查權(quán)的地域范圍，是橫向劃分同級稅務(wù)機關(guān)之間及其所屬專門職能機構(gòu)在各自管轄區(qū)域內(nèi)實施稽查的權(quán)限分工。《稅務(wù)稽查工作規(guī)程》第15條規(guī)定：稅務(wù)案件的查處，原則上由被查對象所在地稅務(wù)機關(guān)負(fù)責(zé);發(fā)票案件由案發(fā)地稅務(wù)機關(guān)負(fù)責(zé);稅法另有規(guī)定的，按稅法規(guī)定執(zhí)行。
　　由被查對象所在地稅務(wù)機關(guān)負(fù)責(zé)稅務(wù)案件的查處的屬地原則是與稅務(wù)管理相一致的，這樣做可以將日常的管理權(quán)和稽查權(quán)結(jié)合起來，便于開展稅務(wù)稽查。
　　《規(guī)程》還規(guī)定，發(fā)票案件由案發(fā)地負(fù)責(zé)。利用發(fā)票進行違法犯罪的，多數(shù)都是跨地區(qū)作案，具有流動性大、隱蔽性強等特點，所在地稅務(wù)機關(guān)往往難以及時掌握，另一方面，利用發(fā)票進行犯罪活動有的是納稅人，有的則是沒有辦理稅務(wù)登記的非納稅人，無法按照屬地管轄原則來確定管轄權(quán)。因此，由案發(fā)地稅務(wù)機關(guān)負(fù)責(zé)發(fā)票案件的查處更為合理。
　　稅法另有規(guī)定的，按稅法規(guī)定執(zhí)行，主要是針對納稅人所在地與經(jīng)常行為發(fā)生地不一致時作出的特殊規(guī)定。如《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》關(guān)于營業(yè)稅的納稅地點做了明確規(guī)定，納稅人提供勞務(wù)的，應(yīng)當(dāng)向應(yīng)稅勞務(wù)發(fā)生地主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。這一經(jīng)營行為發(fā)生地的管理原則也適用于稽查管轄;納稅人銷售不動產(chǎn)，轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)應(yīng)向不動產(chǎn)所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅，則稅務(wù)稽查也應(yīng)由不動產(chǎn)所在地稅務(wù)機關(guān)執(zhí)行。
　　(二)級別管轄，指根據(jù)稅務(wù)機關(guān)的級別確定其稽查的管轄范圍。它主要根據(jù)稅務(wù)違法的性質(zhì)、情節(jié)的輕重、影響的大小和案件的復(fù)雜程度等情況來確定。
　　依照《規(guī)程》第17條規(guī)定，下列案件由上一級稅務(wù)機關(guān)查處或統(tǒng)一組織力量查處：
　　1.重大偷稅、逃避追繳欠稅、騙取出口退稅、避稅、抗稅。
　　2.重大偽造、倒賣、非法代開、虛開發(fā)票以及其他重大稅務(wù)違法案件。
　　3.群眾舉報確需由上級派人查處的案件。
　　4.涉及到被查對象主管稅務(wù)機關(guān)人員的案件。
　　5.上級稅務(wù)機關(guān)認(rèn)為需要自己查處的案件。
　　6.下級稅務(wù)機關(guān)認(rèn)為有必要請示上級稅務(wù)機關(guān)查處的案件。
　　(三)職能管轄，指不同的稅務(wù)機關(guān)依據(jù)各自不同的職權(quán)對實施稽查所作的分工，是稅務(wù)機關(guān)根據(jù)其管理職能確定對稽查事項的管轄權(quán)?！兑?guī)程》第14條款規(guī)定，各地國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局分別負(fù)責(zé)所管轄稅收的稅務(wù)稽查工作。在工作中遇有屬于對方管轄范圍問題的，應(yīng)及時通報對方查處;查處同一稅收問題認(rèn)定上有不同意見時，先按照負(fù)責(zé)此項稅收的稅務(wù)機關(guān)的意見執(zhí)行，然后報負(fù)責(zé)此項稅收的上級稅務(wù)機關(guān)裁定，以裁定的意見為準(zhǔn)。
　　職能管轄是由分稅制的財政體制決定的。實行分稅制后，國務(wù)院就稅收管理權(quán)限的劃分問題已進行了明確，是劃分稅務(wù)稽查管轄的主要標(biāo)準(zhǔn)。國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局只能負(fù)責(zé)所管轄稅收的稽查工作，如果在稅收問題的認(rèn)定上出現(xiàn)異議，則以負(fù)責(zé)該項稅收工作的上級稅務(wù)機關(guān)裁定的意見為準(zhǔn)，如增值稅稅額的認(rèn)定以國家稅務(wù)局意見為準(zhǔn)。
　　(四)指定管轄，指上級稅務(wù)機關(guān)以決定的方式指定下級稅務(wù)機關(guān)對某一稽查事項行使管轄權(quán)。這通常是由于兩個或者兩個以上的稅務(wù)機關(guān)對稽查的管轄發(fā)生糾紛或者因特殊情況無法行使管轄權(quán)時，才由上級機關(guān)確定由誰管轄?！兑?guī)程》第16條規(guī)定，在國稅、地稅各自系統(tǒng)內(nèi)，查處的稅務(wù)案件如果涉及兩個或者兩個以上稅務(wù)機關(guān)管轄的，由*8查處的稅務(wù)機關(guān)負(fù)責(zé);管轄權(quán)發(fā)生爭議的，有關(guān)稅務(wù)機關(guān)應(yīng)本著有利于查處的原則協(xié)商確定查處權(quán);協(xié)商不能取得一致意見的，由共同的上一級稅務(wù)機關(guān)協(xié)商或者裁定后執(zhí)行。