兩者的共同點
一是提供零稅率和免稅服務(wù)的單位和個人都負有納稅義務(wù)，相應(yīng)的銷售額應(yīng)在增值稅申報表中申報。這點有別于不征稅收入，取得的不征稅收入沒有納稅義務(wù)，無須在增值稅申報表中申報。
二是兩者從形式上看都表現(xiàn)為納稅人不納稅，或者說是本交易環(huán)節(jié)（或流通環(huán)節(jié)）的增值額部分不用繳納增值稅。
三是兩者都不得開具增值稅專用發(fā)票。
提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)不得開具增值稅專用發(fā)票的政策依據(jù)是《適用增值稅零稅率應(yīng)稅服務(wù)退（免）稅管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2014年第11號）第七條，即實行增值稅退（免）稅辦法的增值稅零稅率應(yīng)稅服務(wù)不得開具增值稅專用發(fā)票。
提供免征增值稅應(yīng)稅服務(wù)不得開具增值稅專用發(fā)票的政策依據(jù)是《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號文附件1）第五十三條。
四是財稅〔2016〕36號文附件1《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第四十八條第二款規(guī)定，納稅人發(fā)生應(yīng)稅行為同時適用免稅和零稅率規(guī)定的，納稅人可以選擇適用免稅或者零稅率。
兩者的不同點
一是適用范圍不同。
財稅〔2016〕36號文附件1《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第十五條第（四）項規(guī)定，境內(nèi)單位和個人發(fā)生的跨境應(yīng)稅行為，稅率為零。具體范圍由財政部和國家稅務(wù)總局另行規(guī)定。
財稅〔2016〕36號文附件3《營業(yè)稅改征增值稅試點過渡政策的規(guī)定》規(guī)定了四十類項目免征增值稅；財稅〔2016〕36號文附件4《跨境應(yīng)稅行為適用增值稅零稅率和免稅政策的規(guī)定》也規(guī)定了一些跨境應(yīng)稅行為適用增值稅免稅政策的情形。
可見，增值稅零稅率僅僅適用于跨境應(yīng)稅行為，而增值稅免稅政策不限于跨境應(yīng)稅行為，也適用于境內(nèi)發(fā)生的應(yīng)稅行為。
此外財稅〔2016〕36號文附件1《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第十九條規(guī)定，小規(guī)模納稅人發(fā)生應(yīng)稅行為適用簡易計稅方法計稅；第三十四條規(guī)定，簡易計稅方法的應(yīng)納稅額，指按照銷售額和增值稅征收率計算的增值稅額，不得抵扣進項稅額?？梢娦∫?guī)模納稅人計算增值稅額時適用征收率，但是由財稅〔2016〕36號文附件1《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第十五條的規(guī)定可知，零稅率是增值稅稅率的一種，所以增值稅零稅率政策僅適用于一般納稅人，不適用于小規(guī)模納稅人。增值稅免稅政策適用于一般納稅人和小規(guī)模納稅人。
二是增值稅優(yōu)惠幅度和進項稅額抵扣待遇不同。
增值稅零稅率不僅是本交易環(huán)節(jié)（或流通環(huán)節(jié)）的增值額部分不用繳納增值稅，而且，以前各交易環(huán)節(jié)（或流通環(huán)節(jié)）的累積增值額也不用繳納增值稅，具體通過允許抵扣進項稅額來實現(xiàn)。但增值稅免稅政策僅僅是本交易環(huán)節(jié)（或流通環(huán)節(jié)）的增值額部分不用繳納增值稅，進項稅額不允許抵扣，計入交易成本，如果稅務(wù)和會計上已經(jīng)抵扣了，需做轉(zhuǎn)出進項稅額處理。
三是稅收管理要求不同。
零稅率是增值稅稅率的一種，只要符合稅法規(guī)定，就可以適用增值稅零稅率，并按月向主管退稅的稅務(wù)機關(guān)申報辦理增值稅退（免）稅手續(xù)。增值稅免稅是一項稅收優(yōu)惠政策，一般需報稅務(wù)機關(guān)備案。
適用零稅率與免征增值稅有何區(qū)別
簡易計稅方法前提下沒有區(qū)別
財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅[2016]36號]文件明確規(guī)定：“提供適用零稅率的應(yīng)稅服務(wù)……適用簡易計稅方法的，實行免征增值稅辦法。”可見，在這種情況下，兩者沒有區(qū)別。
適用簡易計算方法的有兩種納稅人：小規(guī)模納稅人;選擇了簡易計稅方法的一般納稅人。
一般計稅方法前提下區(qū)別明顯
免征增值稅：應(yīng)納增值稅為0，同時不能抵扣進項稅額。
適用零稅率：增值稅應(yīng)納稅額=銷項稅額-進項稅額，適用零稅率即銷項稅額為0，應(yīng)納稅額=0-進項稅額。這意味著可以退還稅款，或進項留抵。通過公式計算，有助于理解財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅〔2016〕36號文附件4]第四條規(guī)定：“提供適用零稅率的應(yīng)稅服務(wù)，如果屬于適用增值稅一般計稅方法的，實行免抵退稅辦法。”
相比之下，適用零稅率比免征增值稅更實惠。這就有助于理解財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅[2016]36號]文件附件1《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第四十四條規(guī)定：“納稅人提供應(yīng)稅服務(wù)同時適用免稅和零稅率規(guī)定的，優(yōu)先適用零稅率。”
附件4第四條規(guī)定：“外貿(mào)企業(yè)兼營適用零稅率應(yīng)稅服務(wù)的，統(tǒng)一實行免退稅辦法。”表面看，似乎給外貿(mào)企業(yè)以更多的扶持。但實際上，免退稅包括免稅和退稅，如果外貿(mào)企業(yè)選擇了簡易計稅方法，因為不能抵扣進項稅額，同樣只能免稅，沒有退稅。
稅收管理要求不同
增值稅有多檔稅率，零稅率也是增值稅的一檔稅率，只要符合文件規(guī)定，就可以適用零稅率。無須稅務(wù)機關(guān)審批或備案。
但免征增值稅卻是稅收優(yōu)惠，要遵循稅收優(yōu)惠管理的相關(guān)要求，或先經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審批，或報送稅務(wù)機關(guān)備案。
納稅人可以主動放棄免稅優(yōu)惠(包括減稅優(yōu)惠，下同)。但一經(jīng)放棄，36個月內(nèi)不得再申請免稅。《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅納稅人放棄免稅權(quán)有關(guān)問題的通知》(財稅〔2007〕127號)規(guī)定：“要求放棄免稅權(quán)應(yīng)當以書面形式提交放棄免稅權(quán)聲明，報主管稅務(wù)機關(guān)備案。”而且“一經(jīng)放棄免稅權(quán)，其生產(chǎn)銷售的全部增值稅應(yīng)稅貨物或勞務(wù)均應(yīng)按照適用稅率征稅，不得選擇某一免稅項目放棄免稅權(quán)，也不得根據(jù)不同的銷售對象選擇部分貨物或勞務(wù)放棄免稅權(quán)。”
納稅人也可以放棄適用零稅率，選擇免稅或按規(guī)定繳納增值稅。放棄適用零稅率后，36個月內(nèi)不得再申請適用零稅率。但如何辦理放棄適用零稅率手續(xù)，暫無規(guī)定。
對企業(yè)所得稅收入影響不同
適用零稅率與免征增值稅的區(qū)別還影響到企業(yè)所得稅。
直接減免的增值稅屬于財政性資金。而財政性資金要時符合三個條件，才可以作為不征稅收入——企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件;財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求;企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。具體文件見《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于財政性資金行政事業(yè)性收費政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》(財稅〔2008〕151號)和《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》(財稅〔2011〕70號)。從實際情況看，很多企業(yè)都無法同時達到這三條，往往被稅務(wù)機關(guān)檢查時并入收入總額，計算補繳企業(yè)所得稅。
出口退稅則不視為財政性收入，不計算繳納企業(yè)所得稅(見財稅〔2008〕151號文件)。
試點納稅人適用零稅率而產(chǎn)生的退稅，是否比照出口退稅進行企業(yè)所得稅處理?目前尚無規(guī)定。但還需要有新文件進一步明確。