日常管理
“三證合一”后，無需辦理稅務(wù)登記，稅務(wù)登記信息與工商、質(zhì)檢等部門的注冊登記信息比對分析也將不存在，但并不意味著稅務(wù)機關(guān)放棄或放松日常監(jiān)管，稅務(wù)機關(guān)將完善相關(guān)法規(guī)政策，加強后續(xù)管理。
《國家工商行政管理總局、國家稅務(wù)總局關(guān)于做好“三證合一”有關(guān)工作銜接的通知》（工商企注字〔2015〕147號）規(guī)定，企業(yè)登記機關(guān)新設(shè)登記、變更登記（備案）后，將其基本登記信息、變更登記（備案）信息即時共享到省級信息共享交換平臺。稅務(wù)機關(guān)確認(rèn)納稅人信息后，將該稅務(wù)主管機關(guān)全稱即時共享到交換平臺。這樣，稅務(wù)與工商部門共享“一照一碼”注冊登記信息。
稅務(wù)機關(guān)對接收的新登記注冊戶應(yīng)開展納稅身份甄別，確認(rèn)負(fù)有納稅義務(wù)的，及時納入稅收管理。
發(fā)票管理
“三證合一”后，一些涉稅信息如稅種、票種登記等需要稅務(wù)機關(guān)補錄，才能納稅申報和購買發(fā)票，納稅人與稅務(wù)機關(guān)接觸最多的可能是申領(lǐng)發(fā)票，發(fā)票管理將取代稅務(wù)登記，成為整個稅收管理的基礎(chǔ)。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于創(chuàng)新稅收服務(wù)管理若干問題的意見》（稅總發(fā)〔2014〕85號）規(guī)定，初次申領(lǐng)普通發(fā)票數(shù)量應(yīng)控制在一個月用量或省稅務(wù)機關(guān)確定的初次領(lǐng)用數(shù)量范圍內(nèi)。對納稅信用好、稅收風(fēng)險低的納稅人可適當(dāng)放寬，但最多不得超過省稅務(wù)機關(guān)確定的*6領(lǐng)用數(shù)量，省稅務(wù)機關(guān)未確定*6領(lǐng)用數(shù)量的，最多不得超過三個月使用量。對新開業(yè)的一般納稅人，稅務(wù)機關(guān)可按照納稅人生產(chǎn)經(jīng)營規(guī)模、經(jīng)營模式、行業(yè)特點、開具發(fā)票特殊性等因素設(shè)置增值稅專用發(fā)票基本月供應(yīng)量，申領(lǐng)超過基本月供應(yīng)量的納稅人，需向稅務(wù)機關(guān)提供相關(guān)證明材料。對小規(guī)模納稅人（包括個體工商戶）*9次申請發(fā)票增量時，可以要求其法定代表人或者財務(wù)負(fù)責(zé)人到場。對新增納稅人已領(lǐng)用發(fā)票卻未及時申報等情況，采取停止供應(yīng)發(fā)票、實地核查等應(yīng)對措施。對列入企業(yè)異常名錄的納稅人采取停供發(fā)票措施。同時，稅務(wù)機關(guān)對專用發(fā)票系統(tǒng)進(jìn)行升級，而且推行電子發(fā)票，可以通過網(wǎng)絡(luò)實時監(jiān)控和掌握納稅人的發(fā)票開具信息。
“黑名單”管理
“三證合一”后，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)分類處理納稅人清稅申報，根據(jù)企業(yè)經(jīng)營規(guī)模、稅款征收方式、納稅信用等級指標(biāo)進(jìn)行風(fēng)險分析，對風(fēng)險等級低的當(dāng)場辦結(jié)清稅手續(xù)；對于存在疑點情況的，企業(yè)也可以提供稅務(wù)中介服務(wù)機構(gòu)出具的鑒證報告。稅務(wù)機關(guān)在核查、檢查過程中發(fā)現(xiàn)涉嫌偷、逃、騙、抗稅或虛開發(fā)票的，或者需要進(jìn)行納稅調(diào)整等情形的，辦理時限自然中止。在清稅后，經(jīng)舉報等線索發(fā)現(xiàn)少報、少繳稅款的，稅務(wù)機關(guān)將相關(guān)信息傳至登記機關(guān)，納入“黑名單”管理，將影響企業(yè)信用。