（一）營改增可以抵減的銷項稅額未在資產(chǎn)負債表上及時、完整體現(xiàn)
文件規(guī)定：“一般納稅人提供應稅服務，試點期間按照營業(yè)稅改征增值稅有關(guān)規(guī)定允許從銷售額中扣除其支付給非試點納稅人價款的，應在“應交稅費——應交增值稅”科目下增設“營改增抵減的銷項稅額”專欄，用于記錄該企業(yè)因按規(guī)定扣減銷售額而減少的銷項稅額”。但是由于當期抵減的銷項稅額與本期實際產(chǎn)生、可以用于抵減當期和未來期間的銷項稅額并非完全一致，可能存在時間性差異。那么，只在“應交增值稅”下面增加“營改增抵減的銷項稅額”還不能滿足企業(yè)的核算要求，主要有：
一是未完全反應納稅人可以抵減的銷項稅額。如增值稅附表（三）應稅服務扣除項目中，第4列“本期應扣除金額=2+3”，即期初余額+本期發(fā)生額，而第5列，本期實際扣除金額需較本期應扣除金額小，同時也小于本期應稅服務銷售額。納稅人本期營改增實際抵減的銷項稅額與納稅人可以用于抵減的銷項稅額不完全一致，“營改增抵減的銷項稅額”僅為當期實際抵減數(shù)。
二是未及時反應納稅人本期新增的、全部可以抵減銷項稅額的資產(chǎn)。當納稅人購進可以抵扣銷售額的服務時，相關(guān)權(quán)利即行產(chǎn)生，形成了一項可以抵減應交增值稅的資產(chǎn)，按照權(quán)責發(fā)生制原則，需及時體現(xiàn)該項資產(chǎn)。
三是未完整體現(xiàn)納稅人期末尚存的、可以抵減未來期間的銷項稅額的資產(chǎn)。公司產(chǎn)生的可以抵減銷項稅額、但本期尚未抵減的，按照權(quán)責發(fā)生制原則，應確認為資產(chǎn)，但按目前科目體系，該資產(chǎn)尚未體現(xiàn)。
（二）差額征稅的銷項稅額明細賬發(fā)生額重復體現(xiàn)
在“應交增值稅”借方增加“營改增抵減的銷項稅額”之后，銷項稅額則按未扣除服務項目的銷售額及價外費用與增值稅率來計算，導致出現(xiàn)“三個不符”：
首先，賬實不符：銷項稅額明細賬發(fā)生額與銷項稅額定義不符。
根據(jù)財稅〔2016〕36號附件一：“《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第二十二條銷項稅額，是指納稅人發(fā)生應稅行為按照銷售額和增值稅稅率計算并收取的增值稅額。銷項稅額計算公式：銷項稅額=銷售額×稅率”；而附件2《營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》*9（三）銷售額，對于差額征稅的各種應稅行為，均是指扣減了相關(guān)購入成本、費用后的余額。明細賬上以未扣除成本費用的銷售額所計算的銷項稅額與稅收文件相關(guān)定義不符。
其次，賬表不符：銷項稅額明細賬發(fā)生額與《增值稅納稅申報表》主表第11欄“銷項稅額”不符。
填寫說明：“第11欄銷項稅額：填寫納稅人本期按一般計稅方法計稅的貨物、勞務和應稅服務的銷項稅額。營業(yè)稅改征增值稅的納稅人，應稅服務有扣除項目的，本欄應填寫扣除之后的銷項稅額。”
第三，賬證不符：銷項稅額明細賬與提供的增值稅專用發(fā)票銷項稅額不符。
除部分差額征稅不能開具專用發(fā)票，如金融產(chǎn)品轉(zhuǎn)讓、旅游服務選擇差額征收外，其他可以開具增值稅專用發(fā)票的業(yè)務。銷項稅額系按照扣除費用后的銷售額計算銷項稅額，與賬上未扣除費用計算的銷項稅額不符；雖然與“應交增值稅——營改增抵減的銷項稅額”夾差之后，應交增值稅余額不會增加，但應交增值稅借貸明細發(fā)生額均同步虛增。
例1：某客運站在5月提供客運服務收入和價外費用共計106萬元，其中支付給運輸公司84.8萬元。根據(jù)文件規(guī)定，
銷售額=106-84.8=21.2萬元，
不含稅銷售額=21.2/1.06=20萬元
銷項稅額=20*6%=1.2萬元。
如果開具專用發(fā)票，則銷項稅額應為1.2萬元（接受客運服務不能抵扣）。
但是，增值稅會計核算上的應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）則為106/1.06*6%=6萬元，營改增抵減的銷項稅額為84.8/1.06*=4.8萬元，只有將兩者夾差才知道實際的銷項稅額為1.2萬元。這樣不便于增值稅納稅申報表進行比對。
（三）增值稅留抵稅額轉(zhuǎn)入時導致“進項稅額”與“進項稅額轉(zhuǎn)出”明細賬余額同步虛增
根據(jù)財會[2012]13號，試點地區(qū)兼有應稅服務的原增值稅一般納稅人，截止到開始試點當月月初的增值稅留抵稅額按照營業(yè)稅改征增值稅有關(guān)規(guī)定不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣的，應在“應交稅費”科目下增設“增值稅留抵稅額”明細科目。
開始試點當月月初，企業(yè)應按不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣的增值稅留抵稅額，借記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目，貸記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉(zhuǎn)出）”科目。待以后期間允許抵扣時，按允許抵扣的金額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目。
這種情形，在營改增全面推開后，仍然存在：如附件2（四）進項稅額適用一般計稅方法的試點納稅人，2016年5月1日后取得并在會計制度上按固定資產(chǎn)核算的不動產(chǎn)或者2016年5月1日后取得的不動產(chǎn)在建工程，其進項稅額應自取得之日起分2年從銷項稅額中抵扣，*9年抵扣比例為60%，第二年抵扣比例為40%。
上述轉(zhuǎn)出環(huán)節(jié)處理無異議，但當以后期間允許抵扣時，借記應交增值稅（進項稅額），與之前取得發(fā)票期間確認為應交增值稅（進項稅額）重復確認，且造成當期賬證、賬表不符，即進項稅額明細賬與所取得的增值稅進項稅額發(fā)票不一致；與增值稅納稅申報表主表和附表2均不一致。盡管應交增值稅余額正確，但進項稅額與進項稅額轉(zhuǎn)出余額同步虛增，假如納稅人多次轉(zhuǎn)出和轉(zhuǎn)回，進項稅額與進項稅轉(zhuǎn)出將可能虛增更多。
（四）處理規(guī)范陳舊，不能滿足全面推開后的增值核算要求
因財會[2012]13號系以已經(jīng)作廢的《財政部國家稅務總局關(guān)于印發(fā)〈營業(yè)稅改征增值稅試點方案〉的通知》(財稅[2011]110號)為依據(jù)，已不能滿足當前營改增已全面推開的增值稅會計核算與管理要求，突出表現(xiàn)在難以滿足如下新的要求：
1、增值稅應稅行為多樣化、多種稅率（征收率）并存
產(chǎn)品、勞務、服務、不動產(chǎn)及無形資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓均征收增值稅，相關(guān)稅率有17%、13%、11%、6%，還同時存在可以選擇適用簡易征收辦法，征收率既有3%，也有5%。
2、一般計稅方法和可選擇簡易計稅方法并存
公司既要能滿足一般納稅人增值稅會計核算，也要滿足簡易計征應交增值稅核算要求，兩者明細科目不可混用。
3、部分銷售服務地預征和機構(gòu)所在地納稅申報并存
跨縣（市）經(jīng)營的建筑企業(yè)和房地產(chǎn)業(yè)還存在企業(yè)不再象以前是單一的一般納稅人或小規(guī)模納稅人的增值稅核算。
4、銷售額全額計征與差額計征并存
未取得專用發(fā)票，但可以（或在一定時間內(nèi)）扣除應稅銷售額的服務，主要有：如金融商品轉(zhuǎn)讓的買入價、經(jīng)批準的融資租賃企業(yè)支付的借款利息（包括外匯借款和人民幣借款利息）、發(fā)行債券利息和車輛購置稅等。
5、部分進項稅額可以轉(zhuǎn)回
按照《試點實施辦法》第二十七條第（一）項規(guī)定不得抵扣且未抵扣進項稅額的固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、不動產(chǎn)，發(fā)生用途改變，用于允許抵扣進項稅額的應稅項目，可在用途改變的次月按照下列公式計算可以抵扣的進項稅額：
可以抵扣的進項稅額=固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、不動產(chǎn)凈值/（1+適用稅率）×適用稅率
6、增值稅負分析更為復雜
企業(yè)增值稅負不是簡單意義上的應交增值稅額除以銷售收入的比率。從銷售收入層面，需要考慮視同銷售收入、存貨本期增減變動因素、銷售方式（如出口退稅、免稅）、不同應稅行為（產(chǎn)品、服務、轉(zhuǎn)讓不動產(chǎn)及無形資產(chǎn)）；從采購層面，也需要考慮不同產(chǎn)品與服務、免稅進口、分期抵扣、設備與不動產(chǎn)投資購置等諸多因素。否則，企業(yè)的稅負波動難以理解、相同行業(yè)、不同企業(yè)之間及同一企業(yè)不同時期的稅負率也相差很大。企業(yè)如果需及時了解增值稅稅負波動原因，按照現(xiàn)有增值稅核算層級難以做到，需要借助更多的備查賬簿才能達到目的，反而增加了核算工作量。
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